Outils santé

GPT Workbench inclut 23 outils spécialisés en santé et biomedicine qui offrent un accès direct aux principales bases de données scientifiques, registres de médicaments, ressources génomiques et plateformes de recherche clinique. Ces outils permettent aux chercheurs, cliniciens et professionnels des sciences de la vie d'interroger des sources de données faisant autorité directement depuis une conversation.

Tous les outils santé utilisent le Model Context Protocol (MCP) et sont classés dans la catégorie medical du sélecteur d'outils. La plupart ne nécessitent pas de clé API et se connectent à des bases de données scientifiques accessibles publiquement.

Presentation

La suite d'outils santé couvre six domaines :

Domaine	Outils	Utilisation principale
Génomique et génétique	6	Analyse de variants, structures proteiques, génétique des populations, scores polygéniques
Pharmacologie et information médicamenteuse	4	Bases de données de médicaments, pharmacogenomique, composés chimiques
Recherche clinique	3	Essais cliniques, capture de données, pedigrees familiaux
Littérature biomédicale	6	PubMed, serveurs de préprints, gestion de références
Bio-informatique et données	3	Relations gène-médicament-maladie, requêtes multi-bases
Nutrition et sécurité alimentaire	1	Composition alimentaire et analyse nutritionnelle

Activer les outils santé

Les outils santé s'activent de la même manière que tout autre outil dans GPT Workbench :

1. Ouvrez le fil dans lequel vous souhaitez utiliser les outils santé.
2. Cliquez sur le bouton Outils dans la barre d'outils.
3. Faites defiler jusqu'a la catégorie Medical ou utilisez le champ de recherche.
4. Activez les outils spécifiques dont vous avez besoin.

Pour les outils necessitant une configuration (DrugBank, REDCap, Zotero), renseignez les clés API ou identifiants requis dans le panneau de paramètres de l'outil.

Les administrateurs d'organisation peuvent pre-configurer les clés API pour que tous les membres de l'équipe y aient accès sans gerer leurs identifiants individuels.

Génomique et génétique

Six outils pour analyser les variants génétiques, les structures proteiques et les données génomiques au niveau des populations.

AlphaFold Protein Structure

• Nom de l'outil : alphafold-mcp
• Fournisseur : EMBL-EBI
• Description : Interrogez la base de données AlphaFold v2 de structures proteiques. Récupérez des structures 3D pre-calculees par identifiant UniProt, analysez la confiance des predictions, traitez des lots de protéines, comparez des structures et exportez pour la visualisation PyMOL ou ChimeraX.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Recuperer les structures 3D predites pour une protéine par accession UniProt
• Evaluer la confiance des predictions (scores pLDDT) pour des regions structurales
• Traiter par lots plusieurs protéines pour une analyse structurale comparative
• Exporter les données structurales pour des outils de visualisation en aval

Exemples de requêtes :

• "Montre-moi la structure AlphaFold de la p53 humaine (UniProt P04637)"
• "Compare les scores de confiance AlphaFold pour BRCA1 et BRCA2"

---

AlphaGenome

• Nom de l'outil : alphagenome-mcp
• Fournisseur : Google DeepMind
• Description : Analyse de sequences génomiques alimentee par l'IA. Predisez les caracteristiques regulatrices de l'ADN, evaluez la pathogenicite des variants et analysez les intervalles chromosomiques avec une resolution au nucleotide pres grace à l'API AlphaGenome de Google DeepMind.
• Configuration : Aucune clé API requise. Necessite les packages Python numpy, pandas et alphagenome (installes automatiquement).

Cas d'usage principaux :

• Predire les effets regulateurs des variants non codants
• Evaluer la pathogenicite des variants à la resolution du nucleotide
• Analyser les caracteristiques regulatrices de l'ADN sur des intervalles chromosomiques

Exemples de requêtes :

• "Predis l'impact regulateur de rs12345 avec AlphaGenome"
• "Analyse l'intervalle chr17:41196312-41277500 pour les éléments regulateurs"

---

gnomAD Genetic Database

• Nom de l'outil : gnomad-mcp
• Fournisseur : Broad Institute
• Description : Interrogez les variants génétiques, les contraintes sur les gènes et les données de génétique des populations depuis la base Genome Aggregation Database (gnomAD). Essentiel pour la génétique clinique, le diagnostic des maladies rares et la recherche en découverte de médicaments.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher les frequences alleliques d'un variant spécifique selon les populations
• Vérifier les metriques de contrainte des gènes (pLI, LOEUF) pour evaluer l'intolerance à la perte de fonction
• Determiner si un variant est frequent ou rare dans des populations spécifiques
• Soutenir la classification des variants pour les flux de travail en génétique clinique

Exemples de requêtes :

• "Quelle est la fréquence allelique de rs1801133 dans gnomAD ?"
• "Montre-moi les metriques de contrainte pour le gène CFTR"
• "Le variant 13-32936646-C-T est-il rare dans les populations europeennes ?"

---

Ensembl VEP

• Nom de l'outil : vep-mcp
• Fournisseur : Ensembl
• Description : Annotez et predisez les effets des variants génétiques avec Ensembl VEP. Prend en charge la notation HGVS, les rsID et les regions génomiques avec des scores de pathogenicite (AlphaMissense, CADD, REVEL), des metriques de conservation et des annotations fonctionnelles.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Annoter les variants avec les consequences fonctionnelles predites
• Recuperer les predictions de pathogenicite de plusieurs algorithmes de scoring
• Determiner les effets au niveau des transcrits (faux-sens, non-sens, site d'epissage)
• Combiner avec les données de fréquence gnomAD pour l'interpretation des variants

Exemples de requêtes :

• "Quel est l'effet predit de BRAF V600E avec VEP ?"
• "Annote ces variants : rs121913529, rs28897696"
• "Obtiens les scores CADD et AlphaMissense pour NM_004333.6:c.1799T>A"

---

PGS Catalog

• Nom de l'outil : pgscatalog-mcp
• Fournisseur : EMBL-EBI / Universite de Cambridge
• Description : Recherchez des scores polygéniques, publications, traits et metriques de performance dans le PGS Catalog. Essentiel pour la recherche sur les scores de risque polygenique, l'epidemiologie génétique et la medecine de precision.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Trouver des scores polygéniques publies pour des maladies ou traits spécifiques
• Recuperer les metriques de performance et les données de validation d'un PGS
• Identifier les etudes contribuant au developpement de scores polygéniques
• Comparer plusieurs scores pour le même trait

Exemples de requêtes :

• "Trouve les scores polygéniques pour le diabete de type 2 dans le PGS Catalog"
• "Quelles sont les metriques de performance pour PGS000013 ?"
• "Liste toutes les publications PGS liees à la maladie coronarienne"

---

GWAS Catalog

• Nom de l'outil : gwas-catalog-mcp
• Fournisseur : NHGRI-EBI
• Description : Trouvez les associations génétiques publiees entre variants d'ADN et maladies ou traits dans le catalogue GWAS NHGRI-EBI, couvrant environ 6 700 etudes et 575 000 associations. Recherchez par rsID de variant, nom de maladie ou trait, accession d'etude ou region génomique. Distinct de gnomAD (frequences de population) et OpenTargets (cibles médicamenteuses).
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Trouver tous les variants significatifs en GWAS associes à une maladie
• Rechercher quels traits sont associes à un variant spécifique
• Recuperer les détails d'etude et les tailles d'effet pour les associations génétiques
• Explorer les associations au sein d'une region génomique

Exemples de requêtes :

• "Quels variants sont associes à la maladie d'Alzheimer dans le GWAS Catalog ?"
• "Quels traits sont associes à rs429358 ?"
• "Montre les etudes GWAS pour le locus APOE sur le chromosome 19"

Pharmacologie et information médicamenteuse

Quatre outils pour les bases de données de médicaments, les directives de pharmacogenomique et l'information sur les composés chimiques.

DrugBank Database

• Nom de l'outil : drugbank-mcp
• Fournisseur : DrugBank
• Description : Base de données complete de médicaments avec interactions, indications et informations pharmaceutiques détaillées. Recherchez des médicaments, trouvez des traitements pour des conditions et verifiez les interactions médicamenteuses.
• Configuration : Necessite une clé API DrugBank (obtenue sur dev.drugbank.com). Optionnel : configurer le nombre maximum de résultats par requête.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher des médicaments par nom et recuperer les profils pharmacologiques
• Vérifier les interactions médicamenteuses avant prescription
• Trouver les traitements approuves pour une condition spécifique
• Acceder aux données pharmacocinetiques et pharmacodynamiques

Exemples de requêtes :

• "Trouve toutes les interactions connues de la warfarine"
• "Quels médicaments sont approuves pour la depression resistante au traitement ?"
• "Montre-moi le profil pharmacologique de la metformine"

---

CPIC Research

• Nom de l'outil : cpic-mcp
• Fournisseur : CPIC
• Description : Recherchez et accédez à l'API du Clinical Pharmacogenomics Implementation Consortium (CPIC). Récupérez les directives pour les paires médicament-gène, les recommandations de dosage selon le génotype et les niveaux de preuve pharmacogenomiques.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher les directives de dosage CPIC pour une paire médicament-gène spécifique
• Determiner l'action recommandée pour le génotype d'un patient
• Trouver tous les médicaments ayant des directives pharmacogenomiques
• Vérifier le niveau de preuve pour une interaction gène-médicament

Exemples de requêtes :

• "Que recommandé le CPIC pour les metaboliseurs lents CYP2D6 prenant de la codeine ?"
• "Liste toutes les directives CPIC pour le gène CYP2C19"
• "Existe-t-il une directive CPIC pour le tamoxifene et CYP2D6 ?"

---

PubChem

• Nom de l'outil : pubchem-mcp
• Fournisseur : NIH / NLM
• Description : Accedez à la base de données chimique PubChem pour la recherche de composes, l'analyse de structures, les propriétés moleculaires, les données de bio-essais et les informations de sécurité. Aucune clé API requise.
• Configuration : Aucune configuration requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher des composés chimiques par nom, formule ou structure
• Recuperer les propriétés moleculaires (poids, LogP, surface polaire)
• Acceder aux résultats de bio-essais et aux données d'activité biologique
• Consulter les fiches de données de sécurité et les informations sur les dangers

Exemples de requêtes :

• "Trouve les propriétés moleculaires de l'aspirine dans PubChem"
• "Quels bio-essais ont teste l'ibuprofene ?"
• "Montre la structure chimique et le SMILES de la cafeine"

---

BDPM - Base de données publique des médicaments

• Nom de l'outil : bdpm-mcp
• Fournisseur : ANSM
• Description : Base de données publique francaise des médicaments avec environ 15 000 médicaments, leurs compositions, tarifs et alternatives generiques. Basee sur les données officielles de l'ANSM.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher des médicaments disponibles en France par nom ou principe actif
• Consulter les compositions, dosages et voies d'administration
• Trouver les alternatives generiques et les informations tarifaires
• Vérifier le statut d'autorisation de mise sur le marche et les conditions

Exemples de requêtes :

• "Trouve tous les médicaments contenant de l'amoxicilline dans la BDPM"
• "Quelles alternatives generiques existent pour le Doliprane 1000mg ?"
• "Montre la composition et le tarif de l'Augmentin"

Recherche clinique

Trois outils pour la recherche d'essais cliniques, la capture de données de recherche et la génération de pedigrees familiaux.

ClinicalTrials.gov

• Nom de l'outil : clinicaltrials-mcp
• Fournisseur : NIH
• Description : Accedez à la base de données ClinicalTrials.gov pour rechercher des etudes cliniques, recuperer les détails des essais et analyser les tendances de la recherche clinique. Conforme aux directives de l'API du NIH.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher des essais cliniques actifs par condition, intervention ou localisation
• Filtrer les essais par phase, statut et critères d'inclusion
• Recuperer les informations détaillées du protocole et les critères d'éligibilité
• Suivre les tendances de recherche clinique pour un domaine thérapeutique

Exemples de requêtes :

• "Trouve les essais cliniques de Phase 3 en immunotherapie du CBNPC recrutant en France"
• "Quels essais cliniques etudient CRISPR pour la drepanocytose ?"
• "Montre les essais en recrutement pour la maladie d'Alzheimer avec résultats publies"

---

REDCap Research

• Nom de l'outil : redcap-mcp
• Fournisseur : Universite Vanderbilt
• Description : Recherchez et accédez à l'API REDCap (Research Electronic Data Capture). Interrogez les données de projets de recherche, gerez les enregistrements et telechargez des fichiers vers les instances REDCap.
• Configuration : Necessite l'URL de base de l'API REDCap et au moins un jeton de projet. Prend en charge la configuration de plusieurs projets.

Cas d'usage principaux :

• Interroger les dossiers patients des projets de recherche REDCap
• Exporter les données pour analyse depuis les projets configures
• Telecharger des fichiers vers des champs d'enregistrement spécifiques
• Gerer l'accès aux données de recherche multi-projets

Exemples de requêtes :

• "Liste tous les enregistrements du projet REDCap"
• "Exporte les données du formulaire de demographie"
• "Telecharge ce document vers le dossier patient 101, champ consent_form"

---

Pedigree Generator

• Nom de l'outil : pedigree-mcp
• Fournisseur : Workbench
• Description : Genere des diagrammes d'arbres genealogiques familiaux (pedigrees) sous forme d'images PNG. Inclut une documentation complete pour le format de données requis. L'IA appelle d'abord la fonction de documentation pour comprendre la structure de données requise, puis généré le pedigree à partir des données du patient.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Generer des pedigrees medicaux standards à partir de données d'historique familial
• Visualiser les modes de transmission pour les conditions génétiques
• Creer des diagrammes d'arbres familiaux prets pour la publication
• Documenter les patterns de maladies multi-generationnels

Exemples de requêtes :

• "Cree un pedigree pour une famille avec un cancer du sein autosomique dominant"
• "Genere un arbre familial sur trois generations montrant les porteurs de mucoviscidose"

Littérature biomédicale

Six outils pour rechercher, recuperer et gerer les publications biomedicales.

PubMed Research

• Nom de l'outil : pubmed-mcp
• Fournisseur : NIH / NLM
• Description : Recherche avancée dans PubMed avec connexions entre articlés, planification de recherche et visualisation de données. Recherchez, recuperez et analysez la littérature biomédicale de la base de données PubMed.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher des articlés evalues par les pairs par sujet, auteur ou termes MeSH
• Recuperer des résumés et des metadonnees de citations
• Explorer les connexions entre articlés et les publications associees
• Planifier des strategies de revue de littérature

Exemples de requêtes :

• "Recherche dans PubMed les meta-analyses sur les statines et les résultats cardiovasculaires publiees en 2024"
• "Trouve les articlés de Jennifer Doudna sur CRISPR"
• "Montre-moi les revues recentes sur le microbiome intestinal et la santé mentale"

---

PubTator3

• Nom de l'outil : pubtator-mcp
• Fournisseur : NIH / NLM
• Description : Annotation de littérature biomédicale et extraction de relations. Exportez des annotations, trouvez des identifiants d'entités, decouvrez des relations et recherchez dans la base PubTator3 pour l'analyse de littérature scientifique.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Extraire les entités nommées (gènes, maladies, composés chimiques) du texte biomédical
• Decouvrir les relations entre entités biomedicales à travers les publications
• Exporter les annotations structurées des articlés
• Trouver les identifiants d'entités pour une référence normalisee

Exemples de requêtes :

• "Trouve toutes les relations gène-maladie mentionnees dans PMID 35238950"
• "Extrais les entités chimiques des articlés recents sur les traitements COVID-19"
• "Quels gènes sont associes à la maladie de Parkinson dans PubTator ?"

---

PubMatcher Genomics

• Nom de l'outil : pubmatcher-mcp
• Fournisseur : Workbench
• Description : Analyse génomique multi-bases de données couvrant la validation de gènes HGNC, la littérature PubMed, les variants ClinVar, les contraintes gnomAD, les fonctions UniProt, les phenotypes de souris IMPC, les panels PanelApp et les maladies OMIM.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Valider les symboles de gènes selon la nomenclature HGNC
• Croiser les données génomiques à travers plusieurs bases de données faisant autorité
• Recuperer fonction des gènes, pathogenicite des variants et données de phenotype en une seule requête
• Construire des profils génomiques complets pour l'interpretation clinique

Exemples de requêtes :

• "Obtiens un profil génomique complet pour le gène TP53 avec PubMatcher"
• "Croise BRCA2 dans ClinVar, gnomAD et OMIM"
• "Valide le symbole du gène MLH1 et recupere les panels associes de PanelApp"

---

bioRxiv Research

• Nom de l'outil : biorxiv-mcp
• Fournisseur : Cold Spring Harbor Laboratory
• Description : Recherchez et accédez aux préprints bioRxiv. Permet la découverte de recherches avec des recherches par mots-clés, la récupération de metadonnees et le téléchargement d'articlés pour la recherche en sciences biologiques.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher les derniers préprints dans un domaine spécifique avant l'evaluation par les pairs
• Acceder au texte integral et aux metadonnees des préprints
• Suivre les tendances de recherche emergentes en sciences biologiques
• Trouver les préprints d'équipes de recherche spécifiques

Exemples de requêtes :

• "Recherche dans bioRxiv les préprints recents sur le sequencage d'ARN en cellule unique"
• "Trouve les préprints sur l'edition de bases CRISPR publies ce mois-ci"

---

medRxiv Research

• Nom de l'outil : medrxiv-mcp
• Fournisseur : Cold Spring Harbor Laboratory / BMJ
• Description : Recherchez et accédez aux préprints medicaux medRxiv. Permet la découverte de recherche medicale avec des recherches par mots-clés, la récupération de metadonnees et le téléchargement d'articlés pour la recherche en sciences de la santé.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Rechercher des préprints medicaux avant leur publication evaluee par les pairs
• Acceder aux dernières recherches cliniques et epidemiologiques
• Suivre les découvertes emergentes en santé publique et medecine clinique
• Comparer les résultats des préprints avec la littérature publiee

Exemples de requêtes :

• "Recherche dans medRxiv les préprints sur les effets neurologiques du COVID long"
• "Trouve les préprints medRxiv recents sur la durabilite des vaccins ARNm"

---

Zotero Research Library

• Nom de l'outil : zotero-mcp
• Fournisseur : Zotero
• Description : Connectez-vous à votre bibliothèque de recherche Zotero pour la recherche semantique, les résumés d'articlés, la récupération de metadonnees, l'analyse de citations et la gestion des annotations. Accès cloud via l'API Web Zotero.
• Configuration : Necessite une clé API Zotero, un identifiant de bibliothèque et le type de bibliothèque (utilisateur ou groupe).

Cas d'usage principaux :

• Rechercher semantiquement dans votre bibliothèque Zotero personnelle ou de groupe
• Recuperer les metadonnees de citations et les annotations
• Gerer les références depuis une conversation
• Exporter les citations dans les formats standards

Exemples de requêtes :

• "Recherche dans ma bibliothèque Zotero les articlés sur la pharmacogenomique"
• "Liste les ajouts recents à ma bibliothèque Zotero avec leurs tags"
• "Trouve tous les articlés annotes dans ma collection génomique"

Bio-informatique et données

Trois outils pour les requêtes biomedicales inter-bases de données et l'identification de cibles médicamenteuses.

BioThings Research

• Nom de l'outil : biothings-mcp
• Fournisseur : BioThings / Scripps Research
• Description : Accedez aux données biomedicales depuis mygène.info, myvariant.info et mychem.info. Interrogez les annotations de gènes, les données de variants, les composés chimiques et les informations taxonomiques pour la recherche et les applications cliniques.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Interroger les annotations de gènes depuis mygène.info
• Recuperer les données de variants depuis myvariant.info
• Acceder aux informations sur les composés chimiques depuis mychem.info
• Effectuer des requêtes par lots sur plusieurs types de données biomedicales

Exemples de requêtes :

• "Interroge mygène.info pour les annotations du gène EGFR"
• "Recherche le variant chr7:g.140453136A>T dans myvariant.info"
• "Trouve les informations chimiques sur l'imatinib dans mychem.info"

---

OpenTargets Platform

• Nom de l'outil : opentargets-mcp
• Fournisseur : EMBL-EBI / Wellcome Sanger
• Description : Explorez les relations gène-médicament-maladie en utilisant les données de ChEMBL, Ensembl, UniProt et plus de 22 bases de données. Fonctionnalités d'analyse de cibles, analyse de maladies, découverte de médicaments, extraction de preuves, analyse de variants et recherche intelligente.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Identifier les cibles médicamenteuses pour une maladie spécifique
• Explorer les preuves liant un gène à une maladie
• Trouver les médicaments en developpement pour une cible thérapeutique
• Analyser la druggabilite et la tractabilite d'un gène

Exemples de requêtes :

• "Quels médicaments ciblent le gène BRAF selon OpenTargets ?"
• "Montre les preuves liant JAK2 aux neoplasmes myeloproliferatifs"
• "Trouve toutes les cibles médicamenteuses connues pour la polyarthrite rhumatoide"

---

BioContext Knowledgebase

• Nom de l'outil : biocontext-mcp
• Fournisseur : Workbench
• Description : Accès unifie à plus de 20 bases de données biomedicales incluant STRING, KEGG, Reactome, OpenTargets, UniProt, Ensembl, ClinicalTrials, EuropePMC, et plus encore.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Interroger plusieurs bases de données biomedicales via une interface unique
• Trouver des interactions protéine-protéine (STRING)
• Explorer les voies metaboliques et de signalisation (KEGG, Reactome)
• Croiser les entités à travers les bases de données

Exemples de requêtes :

• "Trouve les interactions proteiques pour TP53 dans STRING via BioContext"
• "Montre les voies KEGG impliquant la cascade de signalisation mTOR"
• "Recupere les voies Reactome pour les gènes lies à l'autophagie"

Nutrition et sécurité alimentaire

ANSES Ciqual Database

• Nom de l'outil : ciqual-mcp
• Fournisseur : ANSES
• Description : Base de données francaise de composition alimentaire avec des données nutritionnelles pour des milliers d'aliments. Requetes via SQL avec support de recherche floue pour une analyse nutritionnelle complete.
• Configuration : Aucune clé API requise.

Cas d'usage principaux :

• Consulter la composition nutritionnelle détaillée d'aliments spécifiques
• Comparer la teneur en nutriments entre groupes d'aliments
• Appuyer la planification dietetique avec des données précises de macronutriments et micronutriments
• Effectuer des analyses nutritionnelles à des fins de recherche ou cliniques

Exemples de requêtes :

• "Quelle est la composition nutritionnelle du blanc de poulet cru dans la base Ciqual ?"
• "Compare la teneur en fer des lentilles, des epinards et de la viande rouge"
• "Trouve les aliments les plus riches en vitamine D"

Workflows courants

Les outils santé sont plus efficaces lorsqu'ils sont combines. Les workflows suivants illustrent comment plusieurs outils se completent pour les taches de recherche courantes.

Analyse des interactions médicament-gène

Determinez comment la génétique d'un patient peut affecter la réponse à un médicament :

1. CPIC -- Recherchez les directives pharmacogenomiques pour la paire médicament-gène.
2. DrugBank -- Récupérez le profil pharmacologique complet et les interactions connues.
3. gnomAD -- Verifiez la fréquence dans la population des variants génétiques pertinents.
4. OpenTargets -- Explorez les preuves plus larges liant le gène à la réponse médicamenteuse.

Revue systematique de la littérature

Effectuez une recherche bibliographique complete à travers plusieurs sources :

1. PubMed -- Recherchez des articlés evalues par les pairs sur le sujet.
2. bioRxiv / medRxiv -- Trouvez les préprints pertinents non encore evalues par les pairs.
3. PubTator -- Extrayez les entités nommées et les relations des articlés clés.
4. Zotero -- Sauvegardez et organisez les références dans votre bibliothèque.

Interpretation de variants

Classifiez et interpretez un variant génétique à des fins cliniques :

1. VEP -- Annotez le variant avec les consequences fonctionnelles predites et les scores de pathogenicite.
2. gnomAD -- Determinez la fréquence du variant dans la population.
3. GWAS Catalog -- Verifiez si le variant à des associations connues avec des maladies.
4. OpenTargets -- Explorez si le gène affecte est une cible médicamenteuse.
5. PubMed -- Recherchez les etudes fonctionnelles publiees sur le variant.

Decouverte d'essais cliniques

Trouvez les essais cliniques pertinents pour une condition spécifique :

1. ClinicalTrials.gov -- Recherchez les essais actifs par condition, phase et localisation.
2. PubMed -- Récupérez les résultats publies des essais termines.
3. DrugBank -- Consultez les médicaments en cours d'investigation.
4. bioRxiv / medRxiv -- Trouvez les préprints avec des données preliminaires d'essais.

Analyse de structures proteiques

Etudiez la structure d'une protéine et les données génétiques associees :

1. AlphaFold -- Récupérez la structure 3D predite.
2. VEP -- Annotez les variants connus dans le gène codant la protéine.
3. BioThings -- Interrogez les annotations et les données fonctionnelles du gène.
4. PubMed -- Recherchez les publications en biologie structurale.

Bonnes pratiques

1. Commencez large, puis affinez. Utilisez PubMed ou BioContext pour l'exploration initiale, puis passez aux outils spécialisés (gnomAD, CPIC, DrugBank) pour les données détaillées.

2. Croisez les références entre bases de données. Aucune base de données n'est exhaustive. Verifiez les résultats en interrogeant la même entité dans plusieurs outils. Par exemple, verifiez un variant dans gnomAD (fréquence) et VEP (impact fonctionnel).

3. Utilisez des identifiants standards. Les outils fonctionnent mieux avec des identifiants standards : rsID pour les variants (rs1801133), accessions UniProt pour les protéines (P04637), symboles HGNC pour les gènes (TP53) et identifiants PubMed pour les articlés (PMID 35238950).

4. N'activez que les outils dont vous avez besoin. Activer les 23 outils santé en même temps augmente la complexité du prompt. Selectionnez les outils pertinents pour votre tache en cours.

5. Combinez avec les outils généraux. Les outils santé fonctionnent bien aux cotes des outils MCP généraux. Utilisez Perplexity pour le contexte web, AntV Charts pour la visualisation de données ou le Calculator pour les calculs statistiques.

6. Verifiez les informations cliniques. Ces outils fournissent des données de recherche, pas des conseils cliniques. Verifiez toujours les résultats par rapport aux directives cliniques faisant autorité et consultez des professionnels de santé qualifies pour les decisions de soins aux patients.